<div dir="ltr">Hi Hadrien,<div><br></div><div><div>> I am trying to write a small script to perform z projection on an</div><div>> image.</div></div><div><br></div><div>Thanks for playing with Ops, and sorry that no one replied to this thread until now!</div><div><br></div><div>I just wanted to let you know that based on your attempts, we are preparing a Z projection example with Ops for the upcoming 2015 ImageJ conference.</div><div><br></div><div>Preliminary work can be seen at:</div><div><a href="https://github.com/imagej/imagej-tutorials/pull/16">https://github.com/imagej/imagej-tutorials/pull/16</a><br></div><div><br></div><div>It will merge to master within the next few days, and become available in ImageJ's Script Editor in the Templates > Tutorials menu by the conference.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jan 24, 2015 at 4:29 PM, Hadrien Mary <span dir="ltr"><<a href="mailto:hadrien.mary@gmail.com" target="_blank">hadrien.mary@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I tried another approach without success neither :<br>
<br>
-----------------------------------<br>
<span class=""># @DatasetService data<br>
# @DisplayService display<br>
</span># @ImageJ ij<br>
<br>
from net.imagej.ops.statistics import Max<br>
from net.imagej.ops.statistics import Sum<br>
from net.imglib2.type.numeric import RealType<br>
<br>
from jarray import array<br>
<br>
fname = "/home/hadim/test_small.ome.tif"<br>
ds = data.open(fname)<br>
<br>
# TODO : find dimensions in ds object<br>
dims = array([136, 65], 'l')<br>
out = ij.op().createimg(dims)<br>
<br>
# Find ndim for project on Z axis<br>
ndim = 2<br>
<br>
op = ij.op().sum(RealType, out)<br>
ds2 = ij.op().project(out, ds, op, ndim)<br>
<br>
ij.ui().show(ds2.getName(), ds2)<br>
<br>
# TODO: should I delete out ?<br>
-------------------------------------<br>
<span class="im HOEnZb"><br>
--<br>
Hadrien Mary<br>
<br>
Ph.D student in Biology<br>
Tournier-Gachet Team<br>
CNRS - LBCMCP - UMR 5088<br>
<br>
Université de Toulouse - Bât. 4R3B1<br>
118, route de Narbonne - 31062 Toulouse<br>
<br>
<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Sat, Jan 24, 2015 at 9:35 PM, Hadrien Mary <<a href="mailto:hadrien.mary@gmail.com">hadrien.mary@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Last thing : I would like to run this script in headless mode on<br>
> pretty big images (17GB), so I would like to be sure wether `img =<br>
> data.open(fname)` use SCIFIO to open them.<br>
><br>
> If it does I guess virtual stack is used in case the opened image is<br>
> big. Am I correct ?<br>
><br>
> --<br>
> Hadrien Mary<br>
><br>
> Ph.D student in Biology<br>
> Tournier-Gachet Team<br>
> CNRS - LBCMCP - UMR 5088<br>
><br>
> Université de Toulouse - Bât. 4R3B1<br>
> 118, route de Narbonne - 31062 Toulouse<br>
><br>
><br>
> On Sat, Jan 24, 2015 at 9:25 PM, Hadrien Mary <<a href="mailto:hadrien.mary@gmail.com">hadrien.mary@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> I am trying to write a small script to perform z projection on an<br>
>> image. It seems that I use the wrong signature for ops.project()<br>
>> function. I tried many combinations without success...<br>
>><br>
>> -------------------------------<br>
>> # @DatasetService data<br>
>> # @DisplayService display<br>
>> # @OpService ops<br>
>><br>
>> from net.imagej.ops.statistics import Max<br>
>> from net.imglib2.type.numeric import RealType<br>
>><br>
>> fname = "/home/hadim/test_small.ome.tif"<br>
>> img = data.open(fname)<br>
>> display.createDisplay(img.getName(), img)<br>
>><br>
>> #op = ops.sum(RealType, img)<br>
>> img2 = ops.project(img, Max, 1)<br>
>> display.createDisplay(img2.getName(), img2)<br>
>><br>
>> data.save(img2, "/home/hadim/projected.ome.tif")<br>
>> -----------------------------------<br>
>><br>
>> I looked the doc, imagej-ops tests but I can't find the correct<br>
>> signature for python. Maybe you can help.<br>
>><br>
>> Thank you<br>
>><br>
>> --<br>
>> Hadrien Mary<br>
>><br>
>> Ph.D student in Biology<br>
>> Tournier-Gachet Team<br>
>> CNRS - LBCMCP - UMR 5088<br>
>><br>
>> Université de Toulouse - Bât. 4R3B1<br>
>> 118, route de Narbonne - 31062 Toulouse<br>
<br>
_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
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