<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>The link Brian sent was to a topic branch, which is now merged to master.</div><div><br></div><div>Here is a stable permalink for it:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/imagej/imagej-tutorials/blob/4161510aa78d7f41d10a5c440ad704da05f1ea71/jython/CreateAndConvolvePoints.py">https://github.com/imagej/imagej-tutorials/blob/4161510aa78d7f41d10a5c440ad704da05f1ea71/jython/CreateAndConvolvePoints.py</a><br></div><div><br></div><div>Be aware that the tutorials repository will undergo heavy shuffling around and additions in the next couple of weeks, as we prepare the Scripting with Ops workshop.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 19, 2015 at 9:23 AM, Jan Eglinger <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.eglinger@gmail.com" target="_blank">jan.eglinger@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Brian,<br>
<br>
thanks a lot for the example script, that's a great starting point!<br>
<br>
Cheers,<br>
Jan<span class=""><br>
<br>
<br>
<br>
On 19.08.2015 15:52, Brian Northan wrote:<br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
Hi Jan<br>
<br>
I am not sure of the best to draw points that are at a sub-resolution<br>
position.<br>
<br>
Below is an example that shows how to use imglib2 (in a script) to draw<br>
points and then convolve them.   (note it works with imagej-ops-0.16.0<br>
and above)<br>
<br>
<a href="https://github.com/imagej/imagej-tutorials/blob/scripting/jython/CreateAndConvolvePoints.py" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-tutorials/blob/scripting/jython/CreateAndConvolvePoints.py</a><br>
<br>
If you know the equation you want to use for a point at sub-resolution<br>
maybe you can implement it using the same imglib2 interfaces...<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, Aug 19, 2015 at 7:32 AM, Jan Eglinger <<a href="mailto:jan.eglinger@gmail.com" target="_blank">jan.eglinger@gmail.com</a><br></span><span class="">
<mailto:<a href="mailto:jan.eglinger@gmail.com" target="_blank">jan.eglinger@gmail.com</a>>> wrote:<br>
<br>
    Dear all,<br>
<br>
    I'd like to use ImageJ-Ops to create an image with "virtual beads"<br>
    of a given diameter with a given intensity.<br>
    I thought of using a 3D Gaussian to get the spatial intensities for<br>
    each bead (at a random subpixel position), and then summing up<br>
    single bead images to get a volume with randomly distributed spots.<br>
    Finally, I might want to convolve these ideal 3D Gaussian spots with<br>
    a given point-spread function (PSF).<br>
<br>
    I guess I'll need<br>
       ij.op().image().equation()<br>
       ij.op().math().add()<br>
    and finally<br>
       ij.op().filter().convolve()<br>
<br>
    but I am unsure how to proceed.<br>
<br>
    Could anybody give me some hints how to start?<br>
<br>
    Thanks,<br>
    Jan<br>
<br>
</span></blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<br>
_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net" target="_blank">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>