
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Curtis - Thanks so much for digging. This focuses my efforts greatly. <div class=""><br class=""></div><div class="">Tobias - If you see this email... I noticed that you are listed as author of the ConnectedComponents class. Any thoughts as I dig in?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Jay</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 30, 2015, at 12:34 PM, Curtis Rueden <<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" class="">ctrueden@wisc.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi Jay,<div class=""><br class=""></div><div class="">Interesting bug. I did some digging. The two Img<UnsignedByteType> instances are identical in terms of dimensionality and pixel values, so that isn't the culprit.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I also tried disabling the labeling computation for SCIFIO to see if it was an issue of tainted state, but the order of computation doesn't seem to make a difference either.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I also stepped a bit with the debugger and certainly the issue is inside of ConnectedComponents.labelAllConnectedComponents. On line 115, the value of numLabels comes back as 2 for the SCIFIO image and 1 for the IJ1 image. Digging deeper becomes tricky due to the multithreadedness of the algorithm, but I fear that's what you'll have to do in order to isolate the difference in behavior.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Regards,</div><div class="">Curtis</div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 30, 2015 at 1:01 AM, Jay Warrick <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:warrick@wisc.edu" target="_blank" class="">warrick@wisc.edu</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi All,<br class="">

<br class="">

I am getting different behavior using the new ConnectedComponents class of imglib2-algorithm depending on whether I get and Img<UnsignedByteType> from a SCIFIO ImageOpener vs. when I get the same image as an Img<UnsignedByteType> by wrapping an ImagePlus. In the SCIFIO case, ConnectedComponents finds the expected single circle while with a wrapped ImagePlus, it doesn't find any regions.<br class="">

<br class="">

Any thoughts/fixes? Might there be something occurring during the wrapping process to cause an issue? Here is a tiny commented maven project with the example scenario.<br class="">

<br class="">

<a href="https://github.com/jaywarrick/ConnectedComponentsTest" rel="noreferrer" target="_blank" class="">https://github.com/jaywarrick/ConnectedComponentsTest</a><br class="">

<br class="">

The tiny .tif I'm using is included in the project but is loaded by a string path. Thus, you need to retype the path to the image to match your computer, but that should be it. Sorry... wasn't sure how to avoid that easily.<br class="">

<br class="">

Thanks for your help,<br class="">

<br class="">

Jay<br class="">

<br class="">

<br class="">

_______________________________________________<br class="">

ImageJ-devel mailing list<br class="">

<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net" target="_blank" class="">ImageJ-devel@imagej.net</a><br class="">

<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br class="">

</blockquote></div><br class=""></div></div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>