<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Daniel,<br><div><br></div><div>>The Fiji.sc docs describe how to do a plugin in the script editor, </div><div>>or how to develop imageJ itself in eclipse, </div><div>>but not how to get one of the external Fiji plugins, like coloc analysis, </div><div>>and then run Fiji with my hacked plugin code running from eclipse????</div><br></div>This process is described in the Developing Fiji in Eclipse tutorial[1] - which I just updated with a bit more information.<br><br>>i can run imageJ from there by highlighting the ij jar and doing run as java application<br><br></div>If you are running ij.jar from the Maven dependencies of Colocalisation_Analysis, then Eclipse is likely just literally executing the jar without anything else on the classpath. Using Debug.run will give you an ImageJ with your plugin loaded properly.<br><br></div>Also, if you don't want to make a temporary main method, you can always build the .jar for your plugin and put it into an existing Fiji installation.<br><div><div><br></div><div>Hope that helps.<br><br></div><div>Best,<br></div><div>Mark<br></div><div><br>[1] <a href="http://imagej.net/Developing_Fiji_in_Eclipse#Running_and_Debugging">http://imagej.net/Developing_Fiji_in_Eclipse#Running_and_Debugging</a><br><div><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 25, 2015 at 7:32 AM, Daniel White <span dir="ltr"><<a href="mailto:dan@chalkie.org.uk" target="_blank">dan@chalkie.org.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi All,<div><br></div><div>I'm setting up my plugin dev environment (win7 x64), by reading the docs on the <a href="http://fiji.sc" target="_blank">fiji.sc</a> pages. </div><div>I got eclipse installed, new JDK installed and seen by eclipse, </div><div>Colocalization_Analysis plugin cloned from github using github for windows</div><div>I imported the plugin as described with the import maven project gadget in eclipse,</div><div>and it got the dependencies as jars apparently.</div><div><br></div><div>So i can run imageJ from there by highlighting the ij jar and doing run as java application, </div><div>but the coloc_2 plugin doesnt appear in the Analyze menu??????</div><div><br></div><div>The Fiji.sc docs describe how to do a plugin in the script editor, </div><div>or how to develop imageJ itself in eclipse, </div><div>but not how to get one of the external Fiji plugins, like coloc analysis, </div><div>and then run Fiji with my hacked plugin code running from eclipse????</div><div><br></div><div>Can I help fix the docs so noobs like me can get started easier, </div><div>and in the process get myself up and running with a little help from on of you folks please?</div><div><br></div><div>cheers</div><div><br></div><div>Dan White</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>