<div dir="ltr">Hi Francis,<div><br></div><div>An AutoscaleMethod is a plugin to an AutoscaleService[1], and is either accessed directly (via getAutoscaleMethod) or indirectly (via getDefaultMethod or the getDefault...Range metods). To use this code in ImageJ you would either have to use a command that calls into the AutoscaleService, or write your own plugin/macro.</div><div><br></div><div>Here's an example of a simple python macro that prints the min/max calculated using the confidence interval method:</div><div><br></div><div>------</div><div><div># @AutoscaleService asService</div><div># @net.imagej.Dataset data</div><div><br></div><div>m = asService.getAutoscaleMethod('Confidence Interval')</div><div><br></div><div>r = m.getRange(data)</div><div><br></div><div>print 'Range min: ', r.getMin(), ', max: ', r.getMax()</div></div><div>----</div><div><br></div><div>The first two lines are script parameters[2]. The AutoscaleService is available by default, but for a Dataset you will have to open an image either with ImageJ2/SCIFIO enabled (Edit > Options > ImageJ2) or using the "File > Import > Image..." command directly.</div><div><br></div><div>Hope that helps. Let me know if you have any more questions.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Mark</div><div><br></div><div>[1] <a href="https://github.com/imagej/imagej-common/blob/master/src/main/java/net/imagej/autoscale/AutoscaleService.java">https://github.com/imagej/imagej-common/blob/master/src/main/java/net/imagej/autoscale/AutoscaleService.java</a></div><div>[2] <a href="http://imagej.net/Script_parameters">http://imagej.net/Script_parameters</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 26, 2015 at 11:38 PM, Francis OBrien <span dir="ltr"><<a href="mailto:francisobrien2007@gmail.com" target="_blank">francisobrien2007@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello,<br></div><div><br></div><div>I am a total <span>newbie</span> so I am willing to learn if people can point me in the right direction. I am trying to get the following code for confidence interval autoscaling to work but I keep getting the errors in Fiji when I try to run the code.<br><br><a href="https://github.com/imagej/imagej-common/blob/master/src/main/java/net/imagej/autoscale/ConfidenceIntervalAutoscaleMethod.java" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-common/blob/master/src/main/java/net/imagej/autoscale/ConfidenceIntervalAutoscaleMethod.java</a><br><br> How do I use this code in ImageJ? Is it run as a macro?</div><div><br> Best,<br><br> Francis<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><br>-- <br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Regards,<br><br>Francis<br><br>Research graduate,<br>New York School of Medicine<br>New York</div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>