<div dir="ltr">Hi Curtis<br><br>That would be perfect.  It would be great to have all the thresholding methods available in IJ1 accessible from Ops. <br><br>Brian<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 9, 2014 at 12:03 PM, Curtis Rueden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Brian,<span class=""><div><br></div><div><div>> I was using the threshold ops and I have a couple of questions about</div><div>> the manualthreshold op.</div></div><div><br></div></span><div>Let's go over these issues during next week's hackathon, if that works for you. Looking very briefly at the OPS thresholding code, I see a few problems we'll need to fix.</div><div><br></div><div>In general, I think all of the thresholding code would benefit from unification under ImageJ OPS. Right now, ImageJ Common has its own threshold package (<a href="https://github.com/imagej/imagej-common/tree/master/src/main/java/net/imagej/threshold" target="_blank">https://github.com/imagej/imagej-common/tree/master/src/main/java/net/imagej/threshold</a>) with its own ThresholdMethod plugin. It would be better to provide that functionality in OPS. A potential hackathon project for next week?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, Aug 28, 2014 at 4:33 PM, Brian Northan <span dir="ltr"><<a href="mailto:bnorthan@gmail.com" target="_blank">bnorthan@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div><br>I was using the threshold ops and I have a couple of questions about the <a href="https://github.com/imagej/imagej-ops/blob/master/src/main/java/net/imagej/ops/threshold/Manual.java" target="_blank">manualthreshold</a> op.<br>
<br></div>1.  It has a variable "threshold".  The parent class, <a href="https://github.com/imagej/imagej-ops/blob/master/src/main/java/net/imagej/ops/threshold/GlobalThresholdMethod.java" target="_blank">GlobalThresholdMethod</a> also has a private variable threshold.  The code compiles but would the OpService get confused when it tries to create the op??  I get a illegalargument exception when trying to create it.  But if I rename the duplicate 'threshold' variable I can then create the op with the op service. <br>
<br></div>2.  I can't figure out how to create the manualthreshold op, set the manual threshold parameter and then pass the manualthreshold op to the <a href="https://github.com/imagej/imagej-ops/blob/master/src/main/java/net/imagej/ops/threshold/GlobalThreshold.java" target="_blank">GlobalThreshold</a> op.  <br>
<br></div>For Otsu I just do it like this<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">ops.run("threshold", otsu, in, new Otsu());<br>
</blockquote><div><div><div><br></div><div>But for manual I need to set the threshold parameter somehow.  I tried this.<br> <blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">
Op manualOp=ops.op("manualthreshold", in, manualthreshold);<br>ops.run("threshold", manual, in, manualOp);<br></blockquote><div><br></div><div>But it doesn't totally make sense to me to do it that way and it throws an exception anyway.  Parameters get injected twice (again when GlobalThreshold attempts to run "manualOp" to get the threshold). <br>
<br>Any suggestions??  <br><br>Thanks<span><font color="#888888"><br><br>Brian <br></font></span></div></div></div></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net" target="_blank">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>