<div dir="ltr">Hi Harri,<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"> thank you, the latest Fiji works! The composite image is completely 
black, but that could be just a scaling issue. Or did it look better for
 you?</blockquote><div><br></div><div>Yeah it looked the same for me.. but the number of planes looks accurate. :) I suspect it is just a scaling issue.<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">


So now I should get to the real work and learn the ImgLib2 API and convert my existing script :)<br></blockquote><br></div><div>Good luck! Let us know if you have any more troubles!<br><br></div><div>Thanks again for the feedback,<br>

</div><div>- Mark<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 28, 2014 at 4:24 AM, Harri Jäälinoja <span dir="ltr"><<a href="mailto:harri.jaalinoja@helsinki.fi" target="_blank">harri.jaalinoja@helsinki.fi</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On 27/02/14 20:01, Mark Hiner wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
These datasets definitely look worse from the script than Fiji/IJ2, which is reasonable since they aren't composited or autoscaled or anything... but they do look correct to me and opened without error.<br>
<br>
Anyway, I hope the latest Fiji works for you. Give it a try and let me know if you run into any more problems.<br>
<br>
Thank you for your persistence!<br>
</blockquote>
<br></div>
Hi Mark,<br>
<br>
thank you, the latest Fiji works! The composite image is completely black, but that could be just a scaling issue. Or did it look better for you?<br>
<br>
 I'll keep using Fiji for running the scripts from now on, I don't see any benefit in managing the dependencies myself now that you got it working.<br>
<br>
So now I should get to the real work and learn the ImgLib2 API and convert my existing script :)<br>
<br>
Best,<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Harri<br>
<br>
-- <br>
______________________________<u></u>____________________<br>
Harri Jäälinoja<br>
Light Microscopy Unit<br>
Institute of Biotechnology, University of Helsinki<br>
<a href="http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/lmu/" target="_blank">http://www.biocenter.helsinki.<u></u>fi/bi/lmu/</a><br>
<a href="tel:%2B358%209%20191%2059370" value="+358919159370" target="_blank">+358 9 191 59370</a> fax <a href="tel:%2B358%209%20191%2059366" value="+358919159366" target="_blank">+358 9 191 59366</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>