<div dir="ltr">P.S. Harri I wanted to apologize if your original script did properly format the classpath.. I tested it on OSX and becase of sed differences it didn't appear to work to me. When I booted up a linux vm and ran it there though, the output did look correct, so I am not sure why it wasn't working for you - as the exception you saw definitely looked like a classpath error. If the -J-cp + subshell command I posted in my original reply doesn't work though, please let me know.<br>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 25, 2014 at 1:07 PM, Mark Hiner <span dir="ltr"><<a href="mailto:hinerm@gmail.com" target="_blank">hinerm@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi Johannes,<br><br></div><div class=""><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 25, 2014 at 12:57 PM, Johannes Schindelin <span dir="ltr"><<a href="mailto:Johannes.Schindelin@gmx.de" target="_blank">Johannes.Schindelin@gmx.de</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow:hidden">Please note that calling the ImageJ launcher with a .py script will<br>



magically do the right thing:<br>
<br>
        ~/Software/fiji-*/Fiji.app/ImageJ-linux64 my-script.py</div></blockquote></div><br></div></div><div class="gmail_extra">Thanks! Do note though that this is similarly not working right now for Harri's use case, as it is not properly interpreting SCIFIOConfig.ImgMode.CELL. The only way I could get it to work was running jython directly.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>


<br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div class="gmail_extra">- Mark<br></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>