<div dir="ltr"><div><div><div>Hello again Ullrich,<br><br></div> I believe the SCIFIO test failure is fixed on the latest master (commit <a href="https://github.com/scifio/scifio/commit/877bf58fa27f4aaca09e5caf92a56c5c30d670d9">877bf5</a>). Note to self: don't rely on annotations in src/test/java.<br>

<br></div> Sorry for the inconvenience, but thanks again for bringing it up.<br><br></div>- Mark<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 5, 2013 at 2:06 PM, Tobias Pietzsch <span dir="ltr"><<a href="mailto:pietzsch@mpi-cbg.de" target="_blank">pietzsch@mpi-cbg.de</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ulli,<br>
<div class="im"><br>
> When I try to compile Tobias' code (branch 'buffer'), I get<br>
><br>
> [WARNING] The POM for com.github.maven-nar:nar-maven-plugin:jar:3.0.0-rc-3-SNAPSHOT is missing, no dependency information available<br>
> [ERROR] The build could not read 1 project -> [Help 1]<br>
<br>
<br>
</div>my bad, I set a version of the nar-maven-plugin that cannot be obtained from the public maven repository but must be build locally.<br>
I reverted to version 3.0.0-rc-2. It should work now. Can you try again?<br>
best regards,<br>
Tobias<br>
<div><div class="h5"><br>
On Dec 5, 2013, at 7:15 PM, Ullrich Koethe <<a href="mailto:ullrich.koethe@iwr.uni-heidelberg.de">ullrich.koethe@iwr.uni-heidelberg.de</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi Johannes and Tobias,<br>
><br>
> following your instructions, I now installed all dependencies on Linux (64-bit Ubuntu, gcc 4.7.3). Here is what I got:<br>
><br>
> In scifio, maven compiles, but then complains<br>
><br>
>   Failed tests:   testDefaultEnabled(io.scif.filters.utests.FilterTest)<br>
><br>
> In vigra-imglib2 (branch 'wip'), 'mvn install' compiles and produces a number of compiler warnings which seem to be uncritical on first glance, but are confusingly flagged as "[ERROR]" in the maven output.<br>


><br>
> When I finally run './avian-run.sh', I get the following output<br>
><br>
> java.io.EOFException<br>
>  at java.util.zip.InflaterInputStream.read (line 54)<br>
>  at java.util.zip.ZipFile$1.read (line 120)<br>
>  at java.util.zip.ZipFile$1.read (line 114)<br>
>  at java.util.zip.InflaterInputStream.read (line 39)<br>
>  at java.util.zip.ZipFile$1.read (line 106)<br>
>  at java.util.Properties$InputStreamParser.readCharacter (line 192)<br>
>  at java.util.Properties$Parser.parse (line 106)<br>
>  at java.util.Properties.load (line 21)<br>
>  at net.imglib2.vigra.NarHelper.loadLibrary (line 41)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImg3DUnsignedByte.<clinit> (line 23)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 19)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 14)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 301)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 217)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 200)<br>
>  at Example.main (line 34)<br>
>  at Example.main (line 22)<br>
> java.lang.ExceptionInInitializerError<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 19)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 14)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 301)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 217)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 200)<br>
>  at Example.main (line 34)<br>
>  at Example.main (line 22)<br>
> caused by: java.lang.UnsatisfiedLinkError: Could not find native library<br>
>  at net.imglib2.vigra.NarHelper.loadLibrary (line 78)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImg3DUnsignedByte.<clinit> (line 23)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 19)<br>
>  at net.imglib2.vigra.VigraImgFactory3DUnsignedByte.create (line 14)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 301)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 217)<br>
>  at io.scif.img.ImgOpener.openImg (line 200)<br>
>  at Example.main (line 34)<br>
>  at Example.main (line 22)<br>
><br>
> No image is created. The input image I used is attached.<br>
><br>
> When I try to compile Tobias' code (branch 'buffer'), I get<br>
><br>
> [WARNING] The POM for com.github.maven-nar:nar-maven-plugin:jar:3.0.0-rc-3-SNAPSHOT is missing, no dependency information available<br>
> [ERROR] The build could not read 1 project -> [Help 1]<br>
> [ERROR]<br>
> [ERROR]   The project net.imglib2.vigra:vigra-imglib2:1.0.0-SNAPSHOT (/home/ukoethe/src/vigra-imglib2/pom.xml) has 2 errors<br>
> [ERROR]     Unresolveable build extension: Plugin com.github.maven-nar:nar-maven-plugin:3.0.0-rc-3-SNAPSHOT or one of its dependencies could not be resolved: Failure to find com.github.maven-nar:nar-maven-plugin:jar:3.0.0-rc-3-SNAPSHOT in <a href="http://mvnplugins.fusesource.org/repo/release" target="_blank">http://mvnplugins.fusesource.org/repo/release</a> was cached in the local repository, resolution will not be reattempted until the update interval of <a href="http://mvnplugins.fusesource.org" target="_blank">mvnplugins.fusesource.org</a> has elapsed or updates are forced -> [Help 2]<br>


><br>
> Best regards<br>
> Ulli<br>
</div></div>> <img.pgm><br>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>