<div dir="ltr">Hi ImageJ / ImgLib2 / SCIFIO developers (mostly core developers),<div><br></div><div>We recently merged the 'nonlinear-goodies' branch of imglib.git to master. This adds support for nonlinear calibrations in addition to linear ones:</div>

<div><br></div><div><a href="https://github.com/imagej/imglib/commit/3ffc0bec00bb7e71d3395a75caaa9c3460b02d75">https://github.com/imagej/imglib/commit/3ffc0bec00bb7e71d3395a75caaa9c3460b02d75</a><br></div><div><br></div>
<div>
We tried to maintain backwards compatibility as much as possible, deprecating obsolete methods and classes. They will stay there through the next release (2.0.0-beta-17) and then get removed afterwards, to make migrating to the new API easier.</div>

<div><br></div><div>We are working on updating SCIFIO and ImageJ2 to use the new API as well. Work can be seen at:</div><div><a href="https://github.com/imagej/imagej/compare/nonlinear-axes">https://github.com/imagej/imagej/compare/nonlinear-axes</a><br>

</div><div><a href="https://github.com/imagej/imagej/compare/nonlinear-goodies">https://github.com/imagej/imagej/compare/nonlinear-goodies</a><br></div><div><a href="https://github.com/scifio/scifio/compare/nonlinear-calibration-update">https://github.com/scifio/scifio/compare/nonlinear-calibration-update</a><br>

</div><div><br></div><div>Unfortunately I will be out of the office tomorrow, so completion of this work will have to wait till Monday.</div><div><br></div><div>For those of you who were in the office physically or the #imagejdev chat room: we finally fixed the bug with duplicate X and Y axes:</div>

<div><a href="https://github.com/imagej/imagej/commit/0876338d24b2a4ffea805def141d36edb5acdf1b">https://github.com/imagej/imagej/commit/0876338d24b2a4ffea805def141d36edb5acdf1b</a><br></div><div><br></div><div>So Mark and Barry: no need to dig into anything further here.</div>

<div><br></div><div><div>I verified that ImageJ2 is now behaving reasonably well against ImgLib2 master now. That means the next steps (for me on Monday) are:</div></div><div><br></div><div>1) Update SCIFIO master to work with latest ImgLib2 code.</div>

<div><br></div><div>2) Cut the 2.0.0-beta-17 release of ImgLib2.</div><div><br></div><div>3) Finalize SCIFIO's nonlinear-calibration-update branch to use the beta-17 release and merge it to master once working.</div>
<div>
<br></div><div>4) Cut a new release of SCIFIO.</div><div><br></div><div>4) Update ImageJ2's nonlinear-axes branch to use the ImgLib2 beta-17 release and new SICFIO release.</div><div><br></div><div>5) Cherry-pick relevant changes from nonlinear-goodies branch to nonlinear-axes branch (dividing changes into conceptually related commits).</div>

<div><br></div><div>6) Merge nonlinear-axes branch to ImageJ2 master once fully complete.</div><div><br></div><div>In the meantime, please note that the duplicate X/Y axis bug lingers on ImageJ2 master as things stand. It will not be fixed until ImageJ2 is pinned against a new release of ImgLib2. (Even if you cherry-picked that fix to AbstractData above, it does not fully fix the problem without another fix to ImgLib2's Axes.get method too.)</div>

<div><br></div><div>If anyone has any questions about this, feel free to reply. But mostly this is just a status update to let everyone know that I'll take care of it, and asking for others to just let things lie until Monday (though unrelated pushes to master, in the meantime, are fine).</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Curtis<br></div><div><br></div></div>