<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div><div>> It is quite hard to define the state of the program when you have to</div><div>> describe it in a scientific paper, because there aren't atomic</div><div>> versions easily accessible to users, which encapsulate the entire</div>

<div>> state of the IJ system.</div></div><div><br></div><div>I agree completely, and filed ticket #1987 to record the need for this:</div><div><br></div><div>    <a href="http://trac.imagej.net/ticket/1987">http://trac.imagej.net/ticket/1987</a></div>

<div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 17, 2013 at 5:16 AM, Michael Doube <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael@doube.net" target="_blank">michael@doube.net</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi everyone,<br>
<br>
One of the things which has bugged me for a while about Fiji in<br>
particular and which might affect IJ2 is that it is quite hard to define<br>
the state of the program when you have to describe it in a scientific<br>
paper, because there aren't atomic versions easily accessible to users,<br>
which encapsulate the entire state of the IJ system.<br>
<br>
You could, I suppose, go to Help > ImageJ and get the IJ and Java<br>
versions, and then go to Help > About plugins and get some information.<br>
But, that relies on plugin authors including a method containing that<br>
info, which they often don't do.<br>
<br>
Further, what happens when libraries are changing in the back end, which<br>
don't relate to those version numbers, but which those plugins might<br>
use? Or when they use methods from other classes unbeknown to the user?<br>
<br>
In other words, if you want to repeat the experiment, how do you restore<br>
the conditions and get the code configuration back? Is copying the whole<br>
Fiji.app directory the only way?<br>
<br>
I am imagining a Git-like hash which relates to a unique configuration<br>
and which anyone can reproduce by entering the same hash - like checking<br>
out a commit, you would check out a config.<br>
<br>
Michael<br>
<br>
_______________________________________________<br>
ImageJ-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ImageJ-devel@imagej.net">ImageJ-devel@imagej.net</a><br>
<a href="http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel" target="_blank">http://imagej.net/mailman/listinfo/imagej-devel</a><br>
</blockquote></div><br></div>