<div dir="ltr">Thanks Antti. I've already begun porting it into ImageJ2. I noticed that the release includes a tweak to the th_minimum.m code. I was going to incorporate it into our stuff but came across three versions (one our own) and wanted to make sure that if our code differs it is a mistake and not a bug we found.<div>
<br></div><div style>At the end of th_minimum.m the code looks like this in 1.02:</div><div style><br></div><div>% The threshold is the minimum between the two peaks.</div><div>for k = 2:n</div><div>  if y(k-1) > y(k) & y(k+1) > y(k)</div>
<div>    T = k-1;</div><div>  end</div><div>end</div><div style><br></div><div style>Our version (I believe ported from 1.02) is very similar except the test line looks like:<br></div><div style><br></div><div style><div>
  if y(k-1) > y(k) & y(k+1) >= y(k)   // NOTICE THE SINGLE >= INSTEAD OF ></div><div><br></div></div><div style><div>Finally your much changed version looks like this in 1.03:</div><div><div><br></div><div>
% The threshold is the minimum between the two peaks.</div><div>peakfound = false;</div><div>for k = 2:n</div><div>  if y(k-1) < y(k) & y(k+1) < y(k)</div><div>    peakfound = true;</div><div>  end</div><div>  if peakfound  & y(k-1) >= y(k) & y(k+1) >= y(k)</div>
<div>    T = k-1;</div><div>    return</div><div>  end</div><div>end</div></div><div><br></div><div style>I think Gabriel can shed light maybe on our change and if it was by design or not. (Gabriel its been present since 1.0). And I see your new version is >='s on both ends. So maybe this email is overkill. Any clarification on your thinking re: the 1.03 change would be appreciated.</div>
</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 13, 2013 at 8:15 AM, Antti Niemistö <span dir="ltr"><<a href="mailto:antti.niemisto@tut.fi" target="_blank">antti.niemisto@tut.fi</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Johannes,<div><div class="h5"><br>
<br>
On Tue, 12 Feb 2013, Johannes Schindelin wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Gabriel and Antti,<br>
<br>
On Mon, 11 Feb 2013, Gabriel Landini wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On Monday 11 Feb 2013 23:23:11 Antti Niemistö wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Then that's what we'll do. I actually found a little bug in one of the<br>
methods (th_maxlik) some time ago, so I was thinking I'll put out a<br>
new version of the toolbox with that fixed. I'm not exactly a software<br>
guy and do not routinely deal with licensing, so can you give me a<br>
walkthrough as to how to go about making this new release with a dual<br>
BSD/GPL license? Or point me to one? I'll then update the toolbox page<br>
at <a href="http://www.cs.tut.fi/~ant/histthresh/" target="_blank">http://www.cs.tut.fi/~ant/<u></u>histthresh/</a> The bug fix is ready so I'll<br>
get this up as soon as the licensing is sorted.<br>
</blockquote>
<br>
The maximum likelihood estimator method was never implemented in the<br>
ImageJ plugin because I could never make it replicate the results of the<br>
Matlab code.<br>
</blockquote>
<br>
I look forward to trying that maximum likelihood method!<br>
</blockquote>
<br></div></div>
The updated version of the maximum likelihood method is now available with the brand new release 1.03 of HistThresh Toolbox for MATLAB at <a href="http://www.cs.tut.fi/~ant/histthresh/" target="_blank">http://www.cs.tut.fi/~ant/<u></u>histthresh/</a><br>

<br>
I hope that it is useful to you.<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
Antti Niemistö DSc(Tech)              office: TE410<br>
Research Fellow                       phone:  <a href="tel:%2B358-40-849-0587" value="+358408490587" target="_blank">+358-40-849-0587</a> (GSM)<br>
Department of Signal Processing               <a href="tel:%2B358-3-3115-4989" value="+358331154989" target="_blank">+358-3-3115-4989</a> (fax)<br>
Tampere University of Technology      URI:    <a href="http://www.cs.tut.fi/~ant/" target="_blank">http://www.cs.tut.fi/~ant/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>