<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">> Is there a way to turn this off?</span><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div>

<div style><font face="arial, sans-serif">Yes, you can call imageOpener.setAllowOpenFiles(false) which will prevent Bio-Formats from doing any directory listings or opening up any files for the purposes of determining the file format. However, if you set this flag, some file formats will be improperly identified.</font></div>

<div style><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style><font face="arial, sans-serif">Out of curiosity: how much does the benchmark improve if that flag is set inside ImgOpener's createReader method? Another thing you could test, to determine the performance impact, is to change "new ImageReader" to "new TiffReader", which explicitly tells ImgOpener to assume everything is a TIFF.</font></div>

<div style><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style><font face="arial, sans-serif">If such changes vastly improve the ImgOpener performance, we could consider adding another ImgOpener signature that lets you explicitly specify the file format.</font></div>

<div style><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style><font face="arial, sans-serif">> </font><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Bio-formats analyzes the folder. Some formats are multi-file.</span></div>

<div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Indeed. And some files are even considered a different file format depending on which other files are present in the same or nearby directories.</span></div>

<div style><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style><font face="arial, sans-serif">Regards,</font></div><div style><font face="arial, sans-serif">Curtis</font></div><div style><font face="arial, sans-serif"><br>

</font></div><div style><font face="arial, sans-serif">P.S. to Melissa: Johannes has some ideas for improving the TIFF reader performance too, which he plans to explore over the next few days. We will keep you posted on any progress.</font></div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 6, 2013 at 11:13 AM, Albert Cardona <span dir="ltr"><<a href="mailto:sapristi@gmail.com" target="_blank">sapristi@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">2013/2/6 Tobias Pietzsch <span dir="ltr"><<a href="mailto:pietzsch@mpi-cbg.de" target="_blank">pietzsch@mpi-cbg.de</a>></span><br>

<div class="gmail_quote"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi Melissa,<br>
<br>
That is awesome! Thanks a lot for tackling these problems.<br>
<br>
Out of curiosity, could you briefly explain (if there is an easy explanation) why the 100.000-files-issue happens?<br>
Is bioformats analyzing the directory the TIFF file lives in? Is there a way to turn this off?<br></blockquote><div><br></div><div><br></div></div><div>Yes, Bio-formats analyzes the folder. Some formats are multi-file.</div>

<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>

<br></div><div>Albert</div></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><a href="http://albert.rierol.net" target="_blank">http://albert.rierol.net</a><br><a href="http://www.ini.uzh.ch/~acardona/" target="_blank">http://www.ini.uzh.ch/~acardona/</a></font></span><div class="HOEnZb">

<div class="h5">

<p></p>

-- <br>
-- <br>
Please avoid top-posting, and please make sure to reply-to-all!<br>
 <br>
Mailing list web interface: <a href="http://groups.google.com/group/fiji-devel" target="_blank">http://groups.google.com/group/fiji-devel</a><br>
 <br>
--- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Fiji-devel" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:fiji-devel%2Bunsubscribe@googlegroups.com" target="_blank">fiji-devel+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/groups/opt_out" target="_blank">https://groups.google.com/groups/opt_out</a>.<br>
 <br>
 <br>
</div></div></blockquote></div><br></div>