Hi Raghuram,<div><br></div><div>I am terribly sorry for leaving this message unanswered for so long.<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">1)Xvfb didnt work on our server (ubuntu 12.04, hosted in our departmental datacenter) for some reason. It always fails saying cannot start xvfb.</blockquote>

<br></div><div>I think your best bet for the time being would be to debug these Xvfb problems. It is the most surefire way to run ImageJ1 headless. The only thing to watch out for is dialog boxes popping up waiting for user input on the server side, with no way to close them. Hopefully your macros can avoid doing such things.</div>

<div><br></div><div>Alternately, you could try Fiji in headless mode using the --headless command line flag; it is quite good in many circumstances, but there are certain macros that simply cannot work that way, since they rely on the Java GUI (even if nothing is explicitly shown onscreen, sometimes dialogs are being constructed and manipulated invisibly).</div>

<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>2) So we started dabbling with ImageJ2 beta1 and now the beta that was released yesterday. But have had not success in getting it to run in headless mode either.</blockquote>

<div><br></div><div>We plan to create a tutorial for ImageJ2 headless, but the API is still in flux and we have simply not had time yet. Hopefully very soon though! Both beta2 and beta3 made improvements in the API to use headless.</div>

<div><br></div><div>What you will never be able to do with ImageJ2 though is run legacy ImageJ1 plugins (and some macros) fully headless, no matter what. The reason is that the ImageJ1 compatibility layer keeps an invisible ImageJ1 window around, which it uses to execute those things. And that window cannot ever be fully headless. The solution, moving forward, will be to have an ImageJ2-specific script or plugin that has no dependence on any explicit GUI elements.</div>

<div><br></div><div>If you are really eager to get started with ImageJ2 programming, I would be happy to go into more detail about it, but it may be easier to wait till we have some documentation online about it.</div><div>

<br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, May 19, 2012 at 12:32 PM, raghuram sudhaakar <span dir="ltr"><<a href="mailto:rs96@buffalo.edu" target="_blank">rs96@buffalo.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Curtis,<br>I have been using imageJ (v1) for an automated grading process. A colleague and I developed a macro which runs well and until now we have been using it on our personal machines. We are trying to host it on a local server so the macro can be used by other colleagues as well, but are stuck trying to run in headless mode<br>



<br>1)Xvfb didnt work on our server (ubuntu 12.04, hosted in our departmental datacenter) for some reason. It always fails saying cannot start xvfb.<br><br>2) So we started dabbling with ImageJ2 beta1 and now the beta that was released yesterday. But have had not success in getting it to run in headless mode either.<br>



<br>Some quick pointers on how to get this done will be great and very useful for the upcoming summer session.<br><br clear="all">thanks<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all">raghuram<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>