
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Hi all,<br>

    I'm looking for ideas on how to harmonize the ImageJ 1.0 rois with

    the ImageJ 2.0 overlays. At present, if you run an ImageJ 1.0

    plugin, the harmonization code will duplicate the overlays because

    it has no mechanism to check whether a roi was intentionally

    duplicated or just happens to be there. Also, in ImageJ 1.0, each

    ImagePlus has a single ROI which can be a composite of other ROIs

    but the compositing is done by AWT. The pieces of the ROI composite

    produced by AWT will not have a direct one-to-one correspondence

    with the overlays that produced them and this makes matching and

    back-translation to ImageJ a non-trivial task. Presently, the code

    correctly produces one overlay that represents the one ImageJ ROI in

    the ImagePlus and it adds, not replaces, the current set of

    overlays.<br>

    <br>

    I'd really like some guidance on how to proceed and what would be an

    acceptable solution. I'm sure I can figure out how to implement any

    reasonable idea but I feel completely unqualified to choose that

    solution. Some possibilities:<br>

    <ul>

      <li>Only back-translate an ImagePlus's ROI if the area it masks is

        different on output from what it was on input. Slow, but

        possibly as close to correct as possible.<br>

      </li>

      <ul>

        <li>Replace all overlays with a single composite on output.</li>

        <li>Replace all overlays with individual overlays as represented

          by the paths in the ImagePlus's ROI. Requires analysis of

          paths to determine which are disjoint (donut ROI is large

          circle XORed with smaller inner circle and translates into a

          composite ROI in this case whereas two circles that do not

          overlap become two separate ROIs).<br>

        </li>

      </ul>

      <li>Have a "HarmonizeOverlays" plugin that lets a user control

        what happens via macros. Advantages: user can construct a macro

        composed of several ImageJ 1.0 plugins and those will not suffer

        from a mis-harmonization during the course of the macro. User

        will have some degree of control over how the harmonization

        takes place, choosing whether to replace overlays in the

        display, add to them and whether to translate to a composite or

        individual overlays. Disadvantages: not automatic and possibly

        confusing.</li>

    </ul>

    But again, I don't want to decide what's right and I am most

    definitely open to suggestion.<br>

    <br>

    --Lee<br>

  </body>

</html>