
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    OK, I just finished 4 days of hacking to get CellProfiler to read

    the @parameter tags. I also took the plugin that we use the most,

    "Tubeness", and converted it to use the tags and removed its gui

    code (dialog stuff + image display). The result: CellProfiler runs

    an ImageJ plugin, displaying the parameters (including input and

    output images) as settings in our module. In this case,

    "InputImage", "Sigma", "Use calibration" and "Output image" are the

    parameters. The result appears below, totally seamless.<br>

    <br>

    Curtis, I'll probably give you two pipelines: one that runs on the

    current CellProfiler release with the old ImageJ and one that is my

    personal build with a bleeding-edge ImageJ 2.0 build. This

    reinforces the message we want to send: <br>

    <br>

    Your plugin is the manifestation of your method or algorithm which

    is what's important to you.<br>

    Your plugin conforms to the ImageJ 2.0 standard.<br>

    Your method can be used by any software that accepts ImageJ 2.0

    plugins.<br>

    <br>

    How cool.<br>

    <br>

    --Lee<br>

    <br>

    <img alt="ImageJ 2.0 / CellProfiler 2.0"

      src="cid:part1.02030204.01010503@broadinstitute.org" width="1407"

      height="729"><br>

  </body>

</html>