<html>

    <head>

      <base href="http://fiji.sc/bugzilla/" />

    </head>

    <body>

      <p>

        <div>

            <b><a class="bz_bug_link 

          bz_status_NEW "

   title="NEW - Cannot run commands from the ijpb/MorphoLibJ plugin in --headless mode using --jython script option"

   href="http://fiji.sc/bugzilla/show_bug.cgi?id=1107#c1">Comment # 1</a>

              on <a class="bz_bug_link 

          bz_status_NEW "

   title="NEW - Cannot run commands from the ijpb/MorphoLibJ plugin in --headless mode using --jython script option"

   href="http://fiji.sc/bugzilla/show_bug.cgi?id=1107">bug 1107</a>

              from <span class="vcard"><a class="email" href="mailto:ghv2@psu.edu" title="Greg Von Kuster <ghv2@psu.edu>"> <span class="fn">Greg Von Kuster</span></a>

</span></b>

        <pre>After working with additional plugins from the command line (e.g.,

<a href="http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:filter:edge_detection:start">http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:filter:edge_detection:start</a>,

<a href="http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:morphology:skeletonize3d:start">http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:morphology:skeletonize3d:start</a> ),

it seems that plugins may be producing output images in various ways, and that

may be causing the behavior I'm seeing.

For example, the skeletonize3d plugin allows me to save the analyzed image

using the following commands from a Python script:

input_image_plus = IJ.openImage( input )

# Create a copy of the image.

input_image_plus_copy = input_image_plus.createImagePlus()

image_processor_copy = input_image_plus.getProcessor().duplicate()

input_image_plus_copy.setProcessor( "iCopy", image_processor_copy )

# Run the command.

IJ.run( input_image_plus_copy, "Skeletonize (2D/3D)", "" )

# Save the ImagePlus object as a new image.

IJ.saveAs( input_image_plus_copy, output_datatype, tmp_output_path )

In some way, the plugin "overlays" the original input_image_plus_copy object

with the new analyzed image, so when I save it, I have what I expect.

However, using similar commands with the edge_detection plugin does not behave

the same way.  It must be producing a separate image (to which I do not know

how to get a handle from the command line), so the original

input_image_plus_copy object is saved rather than the analyzed image.  The

behavior of this plugin is similar to the behavior of the ijpb/MorphoLibJ

plugin.

So is it possible to get a handle on output images for those plugins that do

not "overlay" the original image when run from the command line?

I've looked everywhere in (the Fiji tutorials and docs, OpenStack, etc), but

have not found any information about this.

Thanks very much for any insight on this.</pre>

        </div>

      </p>

      <hr>

      <span>You are receiving this mail because:</span>

      <ul>

          <li>You are the assignee for the bug.</li>

      </ul>

    </body>

</html>