<html>

    <head>

      <base href="http://fiji.sc/bugzilla/" />

    </head>

    <body>

      <p>

        <div>

            <b><a class="bz_bug_link 

          bz_status_NEEDSINFO "

   title="NEEDSINFO - Bug in the Intermodes algorithm of threshold"

   href="http://fiji.sc/bugzilla/show_bug.cgi?id=938#c2">Comment # 2</a>

              on <a class="bz_bug_link 

          bz_status_NEEDSINFO "

   title="NEEDSINFO - Bug in the Intermodes algorithm of threshold"

   href="http://fiji.sc/bugzilla/show_bug.cgi?id=938">bug 938</a>

              from <span class="vcard"><a class="email" href="mailto:g.landini@bham.ac.uk" title="G. Landini <g.landini@bham.ac.uk>"> <span class="fn">G. Landini</span></a>

</span></b>

        <pre>Hi,

The command Edit>Adjust>Auto Threshold both in ImageJ1 (if you downloaded the

Auto Threshold plugin from my site) and in Fiji (already there by default)

actually return the same value for the Intermodes method with the macro you

posted (i.e. 525).

This does a threshold on the 16bit data.

Furthermore, in both cases, the Log window says that a proper Intermodes

threshold was not found after 10000 iterations, so the value, so you should

take that result with caution, it is a guessed value, not a converged one.

However what you get from the drop box when you use Edit>Adjust>Threshold and

then select the Intermodes from the drop list, this is a different adaptation

of the algorithms above that Wayne added. I think in 16bit this is implemented

as a mapped histogram with 256 bins, so you would expect some difference.

I am looking into this in more detail and because I found some unexpected

behaviour if one chooses to set the threshold but not to convert to mask. It

converts to 8bit anyway. Not sure why, but hope to update this soon.</pre>

        </div>

      </p>

      <hr>

      <span>You are receiving this mail because:</span>

      <ul>

          <li>You are the assignee for the bug.</li>

      </ul>

    </body>

</html>